Obec Boťany sa v prameňoch spomína od 13. storočia ako osada majetku comesa Beche.Roku 1332 ako vyvinutá obec pod názvom Bocian, Bathian s vlastným rímskokatolíckym kostolom. V priebehu dejín sa názov obce vyvíjal roku 1404 Bacchian, 1429 Baytam, 1480 Bottyan, Battyan, 1808 Boťany, maďarsky Battyán, Bottyán.
V XIV. storočí vlastníkmi dediny boli rodiny Bacskai a Bottyán. V stredoveku patrila rôznym zemepánom, od začiatku 15. storočia Pányiovcom, neskôr (v 16. storočí) Tárkányiovcom (dali postaviť kaštieľ pri obci) a v minulom storočí Sennyeyovcom. V roku 1763 celá obec vyhorela. V minulosti bola administratívne súčasťou Zemplínskej stolice (župy), dnes patrí do okresu Trebišov.